Люди Икс перестают существовать после загадочного происшествия в школе Чарльза Ксавьера. Неизвестная сила разрушает особняк, профессор исчезает, а вместе с ним пропадает Джин Грей. Оставшиеся члены команды не находят ответов и со временем расходятся каждый своей дорогой. Росомаха тоже начинает жить самостоятельно. Он не собирается возвращаться к прошлому, пока не сталкивается с новой охотой на мутантов. Специальные подразделения задерживают их и отправляют в заключение. Отношение людей становится всё более враждебным. Логан понимает, что без Людей Икс сопротивляться происходящему будет намного сложнее. Он возвращается на место разрушенной школы. Там Росомаха встречает Зверя. Хэнк Маккой всё это время продолжал расследовать взрыв и пытался установить, куда исчезли Ксавьер и Джин. Двое бывших товарищей решают восстановить команду. Росомаха начинает разыскивать старых союзников. Ледяной Человек готов вернуться к прежней жизни, хотя его родители выступают против. Китти Прайд снова присоединяется к друзьям. Шторм тоже принимает предложение Логана. Ночного Змея поиски приводят обратно к Людям Икс после собственных приключений. С Циклопом всё оказывается значительно сложнее. После исчезновения Джин он практически потерял интерес к команде. Скотт не может смириться с произошедшим и продолжает надеяться найти её. Росомаха пытается вернуть его, поскольку понимает, насколько важен Циклоп для Людей Икс. Неожиданно команда получает доказательство того, что профессор Ксавьер жив. Но связаться с ним обычным способом невозможно. Чарльз находится в будущем, наступившем спустя двадцать лет после разрушения школы. Мир, который он видит, почти не оставляет мутантам надежды. Стражи контролируют территорию и преследуют тех, кому удалось сохранить свободу. Ксавьер выясняет, что путь к этой катастрофе начался именно в их времени. Он связывается с Людьми Икс и передаёт предупреждения о событиях, которые необходимо изменить. Руководить командой теперь приходится Росомахе. Для Логана новая роль становится серьёзным испытанием. Раньше он мог самостоятельно отправиться за противником и отвечать только за собственные решения. Теперь ему приходится планировать действия всей группы. Одновременно растёт напряжение между людьми и мутантами. Магнето предлагает собственное решение. На острове Геноша он создаёт государство для мутантов, где им обещана безопасность. Для преследуемых людей это место выглядит возможностью начать другую жизнь. Люди Икс не уверены, что намерения Магнето ограничиваются защитой своего народа. Пока Росомаха следит за происходящим на Геноше, Зверь продолжает изучать причины уничтожения школы. Поиски постепенно возвращают команду к загадке исчезновения Джин. Люди Икс сталкиваются с новыми противниками, освобождают захваченных мутантов и пытаются остановить развитие программы Стражей. Каждая победа способна изменить будущее. Но команда не знает, какие именно события приведут к катастрофе, увиденной Ксавьером. Росомахе приходится одновременно искать пропавшую Джин, противостоять охотникам на мутантов и принимать решения за всю команду. Человек, который всегда предпочитал действовать в одиночку, теперь должен удержать Людей Икс вместе и изменить будущее, в котором они уже проиграли.
