Мир считает Чарльза Ксавьера погибшим, но созданная им команда не распадается. Люди Икс остаются в особняке и продолжают защищать мутантов, хотя теперь им приходится самостоятельно решать, как сохранить мечту профессора. Главная ответственность ложится на Циклопа. Скотт Саммерс руководит выездами и старается удерживать команду вместе. Но одновременно он готовится к большим переменам в собственной жизни. Джин Грей ждёт ребёнка. Скотт понимает, что постоянные сражения плохо сочетаются с семьёй, и начинает задумываться об уходе из команды после рождения сына. Остальные Люди Икс тоже пытаются привыкнуть к жизни без Ксавьера. Росомаха по-прежнему предпочитает действовать напрямую, Зверь занимается исследованиями, Джубили становится опытнее, а Морф старается окончательно справиться с последствиями прошлых событий. Шельма и Гамбит остаются одними из главных бойцов команды. Гамбит хочет быть рядом с Шельмой, но её способность поглощать чужую энергию через прикосновение по-прежнему создаёт между ними преграду. Тем временем противники мутантов получают новое оружие. Кто-то собирает технологии Стражей и снабжает ими людей, готовых использовать их против обладателей сверхспособностей. Люди Икс выходят на след преступников. Во время столкновения Шторм попадает под действие оружия, которое лишает её способностей. Для Ороро потеря оказывается особенно тяжёлой. Она привыкла управлять погодой и воспринимала свои силы как часть собственной личности. Теперь Шторм оставляет друзей и отправляется искать новую жизнь. Команда ещё не успевает оправиться от случившегося, когда в особняк приходит Магнето. Бывший противник сообщает последнюю волю Ксавьера. Чарльз передал ему школу и доверил руководство Людьми Икс. Скотт не готов спокойно принять такое решение. Росомаха тоже помнит все столкновения с Магнето и не верит, что тот внезапно отказался от прежних убеждений. Сам Магнето утверждает, что намерен исполнить желание старого друга. Он получает возможность снова начать борьбу за права мутантов, но теперь старается не превращать её в войну против человечества. Испытание для нового порядка появляется почти сразу. Магнето приходится отвечать за прежние преступления и одновременно доказывать, что он действительно изменил свои методы. Пока команда привыкает к его присутствию, в особняке появляется ещё одна Джин Грей. Она ничего не понимает и уверена, что именно её место рядом со Скоттом. Люди Икс начинают разбираться, какая из двух женщин является настоящей Джин. Расследование приводит к Мистеру Зловещему. Его давний интерес к генам Скотта и Джин превращает семейную историю Саммерсов в часть нового эксперимента. После столкновения с ним перед командой возникает другая возможность. Остров Геноша становится настоящим домом для мутантов, где им не приходится скрывать способности и постоянно ждать нападения. Магнето приглашают присоединиться к руководству Геношей. Для него это шанс построить безопасное будущее без войны, о которой он говорил много лет. На остров отправляются Шельма и Гамбит. Шельма сталкивается там с собственным прошлым, связанным с Магнето, а Гамбит начинает понимать, что между ними осталось много недосказанного. Но личные проблемы отходят на второй план, когда Геноша подвергается страшной атаке. То, что должно было стать символом нового будущего мутантов, превращается в место трагедии. За событиями начинает проявляться новый противник. Бастион обладает технологиями, позволяющими вести войну против мутантов совсем иначе, чем прежние Стражи. Он использует страх обычных людей и превращает его в часть своего плана. После Геноши Люди Икс уже не могут вернуться к прежней жизни. Шельма хочет найти виновных, Циклоп всё чаще сомневается в способности политиков защитить мутантов, а Магнето видит в произошедшем доказательство собственных старых убеждений. Даже внутри команды исчезает единство. Одни всё ещё хотят продолжать путь Ксавьера. Другие больше не уверены, что мирное сосуществование возможно. В это время Шторм проходит собственное испытание и пытается вернуть то, что потеряла. Ей необходимо победить не только внешнего противника, но и страх, появившийся после лишения способностей. Бастион тем временем приближается к осуществлению своего плана. Людям Икс приходится снова собраться вместе, хотя теперь каждый из них иначе понимает, за какое будущее стоит сражаться. Без Ксавьера рядом им самим предстоит решить, смогут ли они сохранить его мечту или события последних месяцев окончательно разделят людей и мутантов.
