Агент ФБР Фокс Малдер много лет занимается делами, которые его коллеги предпочитают не воспринимать всерьёз. В архиве «Секретных материалов» он собирает сведения о необъяснимых исчезновениях, странных существах, паранормальных явлениях и возможных контактах с внеземной жизнью. Особенно Малдера интересуют похищения людей. В детстве при загадочных обстоятельствах исчезла его сестра Саманта. Он уверен, что произошедшее связано с пришельцами, и надеется однажды выяснить правду о её судьбе. Руководство ФБР относится к работе Малдера настороженно. Чтобы контролировать его расследования, к нему направляют агента Дану Скалли. Она имеет медицинское образование и привыкла искать научное объяснение даже самым необычным событиям. Скалли должна изучать работу нового напарника и составлять отчёты о его расследованиях. Первые совместные дела заставляют её столкнуться с явлениями, которые трудно объяснить привычными методами. Малдер и Скалли расследуют загадочные смерти, исчезновения людей и преступления, связанные с существами, существование которых официальная наука не признаёт. Некоторые дела заканчиваются вполне земными объяснениями. Другие оставляют слишком много вопросов. Разница во взглядах становится основой их совместной работы. Малдер готов рассматривать самые невероятные версии, если они помогают приблизиться к разгадке. Скалли требует доказательств и старается отделить реальные факты от страхов, слухов и ошибочных предположений. Со временем агенты начинают замечать связь между отдельными делами. Следы приводят к секретным правительственным программам и людям, которые десятилетиями скрывают информацию о контактах с внеземной жизнью. Особенно часто на их пути появляется загадочный Курильщик. Он имеет доступ к высокопоставленным чиновникам и знает о «Секретных материалах» значительно больше, чем готов рассказать. Попытки Малдера приблизиться к правде сталкиваются с уничтоженными доказательствами, исчезнувшими свидетелями и прямым вмешательством людей, заинтересованных в сохранении тайны. Скалли тоже перестаёт воспринимать происходящее как набор случайных дел. Вместе они продолжают расследования, всё глубже проникая в систему, где правду скрывают не только от обычных людей, но и от тех, кто официально должен её искать.
