После начала Войн клонов Галактическая Республика оказывается втянута в масштабное противостояние с сепаратистами. Армия боевых дроидов под командованием генерала Гривуса захватывает новые территории, а джедаи вынуждены возглавить войска клонов, чтобы защитить планеты, сохранившие верность Республике. Энакин Скайуокер и его наставник Оби-Ван Кеноби участвуют в самых опасных операциях. Во время одного из заданий к ним присоединяется Асока Тано, молодая ученица, которую Совет джедаев поручает обучать Энакину. Между ними часто возникают споры, но совместные сражения постепенно превращают их в сплочённую команду. Асока знакомится с капитаном Рексом и другими солдатами-клонами, которые сражаются рядом с джедаями. Она видит, как военные операции влияют на обычных жителей планет, и начинает понимать, что победа не всегда оправдывает принесённые ради неё жертвы. Энакин старается защищать своих подчинённых и нередко нарушает приказы, когда считает их слишком опасными. Его решительность помогает выигрывать сражения, но вызывает недовольство Совета джедаев. Оби-Ван пытается удержать бывшего ученика от необдуманных поступков, хотя сам всё чаще сталкивается с противоречиями между обязанностями генерала и принципами Ордена. Сепаратисты продолжают наступление под руководством графа Дуку. Его ученица Асажж Вентресс выполняет тайные поручения, устраняет противников и неоднократно вступает в схватки с Энакином и Оби-Ваном. После конфликта с Дуку она возвращается на Датомир, где ведьмы Ночи используют собственные магические способности в борьбе за выживание. Тем временем на Мандалоре обостряется противостояние между сторонниками нейтралитета и радикальными группировками. Герцогиня Сатин Крайз пытается не допустить вовлечения планеты в войну, но её противники стремятся захватить власть. Оби-Ван вмешивается в происходящее, поскольку давно знаком с Сатин и не хочет допустить её гибели. Ситуация осложняется возвращением Дарта Мола. Пережив прежнее поражение, он объединяется с братом Саважем Опрессом и создаёт преступный союз, способный противостоять местным властям. Захватив Мандалор, Мол намеревается отомстить Оби-Вану и восстановить собственное влияние. Параллельно в армии клонов начинают происходить странные события. Солдат по имени Файвз обнаруживает, что в мозг каждого клона внедрён специальный чип. Попытка выяснить его назначение приводит к раскрытию части заговора, который тщательно скрывает канцлер Палпатин. Асока тем временем оказывается в центре расследования взрыва в Храме джедаев. Её обвиняют в преступлении и исключают из Ордена, несмотря на отсутствие убедительных доказательств. Энакин самостоятельно разыскивает настоящего виновника и добивается оправдания ученицы, но девушка решает покинуть джедаев. Позднее Асока встречает сестёр Мартез и узнаёт, как жители нижних уровней Корусанта воспринимают войну и деятельность Ордена. Этот опыт заставляет её иначе взглянуть на прежние убеждения. Когда на Мандалоре начинается новое восстание, Асока соглашается помочь Бо-Катан Крайз свергнуть Дарта Мола. Вместе с капитаном Рексом она возглавляет подразделение клонов и участвует в осаде столицы планеты. Операция завершается захватом Мола, но вскоре Палпатин отдаёт приказ 66. Солдаты-клоны неожиданно обращают оружие против джедаев, а Республика превращается в Империю. Асока спасает Рекса от действия управляющего чипа, после чего они вместе пытаются покинуть корабль, экипаж которого получил приказ уничтожить бывшую ученицу Энакина. Война заканчивается гибелью большинства джедаев и приходом Палпатина к абсолютной власти. Асока и Рекс скрываются, оставляя позади армию, которой прежде доверяли, и мир, изменившийся после падения Республики.
