После спасения Нью-Йорка Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело продолжают осваиваться среди людей. Теперь братьям недостаточно прятаться в канализации и выходить на поверхность только по ночам. Они получают возможность ходить в школу и впервые попробовать жить как обычные подростки. Для черепашек это совершенно новый опыт. Им приходится посещать занятия, общаться со сверстниками и привыкать к правилам, о которых раньше они практически ничего не знали. Микеланджело быстро находит преимущества школьной жизни и старается завести новых друзей. Донателло интересуется всем, что связано с технологиями и знаниями, хотя даже ему непросто привыкнуть к большому количеству людей вокруг. Рафаэль по-прежнему предпочитает решать проблемы напрямую. Леонардо же старается оставаться лидером команды, хотя постепенно понимает, что постоянно контролировать братьев становится всё труднее. При этом обязанности защитников города никуда не исчезают. После занятий черепашки снова берутся за оружие и отправляются на улицы Нью-Йорка, где продолжают появляться мутанты и другие опасные противники. Вскоре братья сталкиваются с новой угрозой. Таинственный враг начинает охоту на мутантов и использует для этого специально созданных роботов. Впервые за долгое время черепашки оказываются разделены. Каждому приходится действовать самостоятельно, без привычной поддержки остальных братьев. Леонардо пытается понять, как собрать команду обратно. Рафаэль вступает в опасные столкновения, Донателло использует свои технические способности, а Микеланджело ищет собственный способ выбраться из неприятностей. Разлука становится серьёзным испытанием. Раньше братья привыкли компенсировать слабые стороны друг друга, но теперь каждому необходимо доказать, что он способен справиться с опасностью самостоятельно. Постепенно черепашки находят неожиданных союзников среди других мутантов. Некоторые из них совсем не похожи на героев, но общая угроза заставляет забыть о разногласиях. После воссоединения команды приключения не заканчиваются. Нью-Йорк продолжает сталкиваться со странными происшествиями, а новые противники заставляют братьев постоянно менять привычную тактику. Одновременно они стараются не забывать о школе. Контрольные, новые знакомства и обычные подростковые проблемы иногда оказываются не менее сложными, чем сражения со злодеями. Черепашкам приходится привыкать к тому, что взросление невозможно разделить на две части. Днём они пытаются быть обычными школьниками, а вечером снова становятся командой, от которой зависит безопасность города. Каждое новое приключение помогает Леонардо, Рафаэлю, Донателло и Микеланджело лучше понять себя и друг друга. И хотя братья часто спорят и выбирают разные способы решения проблем, в решающий момент они снова объединяются, чтобы защитить Нью-Йорк.
