Немо был индийским принцем, но потерял семью, положение и свободу. Теперь он находится в исправительной колонии Калпани и вынужден работать на Ост-Индскую компанию, которую считает виновной во многих своих несчастьях. Заключённые строят необычное судно. Огромная железная подводная лодка получает название «Наутилус». После завершения строительства Компания собирается перевезти её в Бомбей и превратить в новое оружие. Немо сам участвовал в создании судна и знает его устройство. Вместе с инженером Бенуа он придумывает другой план. Как только работа закончится, несколько заключённых должны захватить «Наутилус» и бежать. Появление директора Кроули заставляет действовать немедленно. Компания собирается забрать подводную лодку раньше, чем ожидал Немо. Он поднимает людей на побег и уводит «Наутилус» из Калпани. Вместо подготовленной команды на борту оказывается группа бывших заключённых, которым ещё предстоит научиться управлять сложным судном. Не все считают Немо своим капитаном. Кто-то хочет просто добраться до ближайшего берега и исчезнуть. Другие готовы остаться, если путешествие действительно принесёт им свободу и деньги. Немо предлагает цель, способную заинтересовать команду. Где-то далеко находится легендарное сокровище Халвара. Если они найдут его, каждому хватит денег, чтобы начать новую жизнь и больше никогда не зависеть от Компании. Однако сначала необходимо уйти от преследования. За «Наутилусом» отправляют «Дредноут». Могущественная Компания не намерена мириться с потерей уникального судна и бегством заключённых. Во время путешествия к экипажу присоединяется Хьюмилити Лукас. Она получила хорошее образование, увлекается инженерным делом и неожиданно для окружающих оказывается способна понимать устройство «Наутилуса». Поначалу Немо относится к ней с подозрением. Но после нескольких опасных ситуаций Хьюмилити доказывает, что способна не только рассуждать о механизмах, но и действовать, когда от решения зависит жизнь всей команды. Постепенно меняется и сам Немо. Он привык полагаться прежде всего на себя и не собирался становиться настоящим капитаном. Но теперь за каждое его решение отвечают десятки людей. Путешествие приводит их на Караджан. Там раскрывается происхождение Немо. Команда узнаёт, что человек, которого они считали обычным заключённым, в действительности является принцем Даккаром. Для самого Немо встреча приносит неприятные открытия о прошлом его семьи. После Караджана путешествие становится ещё опаснее. На одном из островов команда отправляется за пищей и водой, но сталкивается с неожиданной угрозой. Огромный электрический угорь атакует «Наутилус». Его разряды повреждают судно, а вскоре подводная лодка оказывается рядом с цепью действующих вулканов. «Наутилус» начинает погружаться. Температура внутри повышается, оборудование выходит из строя, а положение становится критическим. Когда остальные члены экипажа уже почти не способны действовать, Хьюмилити приходится самостоятельно искать решение. Подводные вулканы приводят путешественников к следующей загадке. Бенуа обнаруживает сведения, указывающие на возможное существование Атлантиды. Небольшая группа отправляется исследовать подводные сооружения, но вместо безопасной прогулки сталкивается с существами, способными погубить незваных гостей. Путь продолжается через Арктику. Там «Наутилус» и преследующий его «Дредноут» одновременно оказываются зажаты льдами. Чтобы выбраться, врагам приходится временно сотрудничать. Немо встречается со своим старым другом Билли Милле и получает новые сведения о прошлом. Тем временем среди команды растёт недовольство. Люди согласились отправиться за сокровищами, но начинают понимать, что Немо преследует собственную цель. Его ненависть к Компании слишком сильна. Капитан снова и снова рискует «Наутилусом», потому что не готов отказаться от мести. В конце концов команда отстраняет его от управления. Бонифаций занимает место капитана и пытается изменить курс. Но впереди появляются новые проблемы, а необычные условия в районе магнитного полюса делают привычную навигацию практически бесполезной. Чтобы спасти судно, Немо приходится вернуть доверие людей. Он наконец рассказывает им больше о себе и объясняет, почему уничтожение Компании для него важнее любых сокровищ. Добравшись до места, где спрятано богатство Халвара, команда снова сталкивается с неожиданностью. План, ради которого они прошли такое расстояние, рушится. Но теперь бывшие заключённые уже не хотят просто получить деньги и разойтись. У каждого из них есть собственные причины ненавидеть Компанию, поэтому «Наутилус» меняет курс. Немо и его команда отправляются в Лондон, где собираются использовать не пушки, а слабости самой Компании. Им необходимо обрушить стоимость её акций, получить контроль над организацией и уничтожить систему, которая много лет приносила богатство одним людям за счёт свободы других.
