Курт Вагнер с рождения обладает необычной внешностью и способностью мгновенно перемещаться с одного места на другое. Когда профессор Чарльз Ксавьер узнаёт о молодом мутанте, он приглашает его в свой институт. Здесь Курт впервые оказывается среди людей, которым тоже приходится скрывать необычные способности от окружающих. В институте уже живут Скотт Саммерс и Джин Грей. Скотт не способен полностью контролировать энергетические лучи, исходящие из его глаз. Специальные очки позволяют ему сдерживать опасную силу. Джин обладает телекинезом и постепенно осваивает телепатические способности. Сам Ксавьер умеет читать мысли. Он собирает молодых мутантов и помогает им научиться контролировать свои возможности. Вместе с профессором работает Ороро Монро. Под именем Шторм она способна управлять погодой и помогает Ксавьеру обучать подростков. В отличие от взрослых Людей Икс, их ученики продолжают вести обычную жизнь. Они посещают школу Бэйвилл вместе с другими подростками. Одноклассники не должны узнать, кем на самом деле являются новые ученики. Скрывать способности оказывается непросто. Особенно когда рядом появляются другие мутанты. Росомаха становится ещё одним наставником команды. Логан обладает ускоренным восстановлением, обострёнными чувствами и прочными когтями. Он обучает подростков действовать в опасных ситуациях и готовит их к противникам, которые не собираются решать проблемы мирно. Одним из таких противников становится Мистик. Она умеет принимать внешность любого человека и действует по поручению Магнето. Магнето собирает собственную группу молодых мутантов. В неё входят Лэнс Альверс, Тодд Толански, Фред Дьюкс и Пьетро Максимофф. Они тоже учатся в Бэйвилле, но используют способности совсем иначе. Противостояние двух групп быстро выходит за пределы школы. К команде Ксавьера присоединяется Китти Прайд. Она способна проходить сквозь стены и другие твёрдые предметы. Позже в институте появляются новые ученики, каждый из которых должен привыкнуть к собственным силам. Особенно сложной становится история Роуг. Прикоснувшись к другому человеку, она поглощает его энергию, воспоминания и способности. Из-за этого Роуг вынуждена избегать физического контакта. Мистик пытается привлечь девушку на свою сторону раньше Ксавьера. Пока подростки разбираются со своими способностями, Магнето готовит их к более серьёзному противостоянию. Он считает, что мутанты не должны скрываться или подчиняться обычным людям. Ксавьер придерживается другого пути и надеется избежать войны. Скотту, Джин, Курту, Китти и остальным приходится одновременно учиться, скрывать свою природу и тренироваться в институте. Обычные школьные проблемы постоянно сталкиваются с миром мутантов. Новый ученик может оказаться союзником. Конфликт между подростками способен перерасти в настоящее сражение. А использование силы в неподходящий момент грозит раскрыть тайну всей команды. Ксавьер старается подготовить учеников к тому времени, когда скрывать существование мутантов станет невозможно. До этого момента молодым Людям Икс приходится учиться контролировать не только свои способности, но и решения, которые они принимают.
