Пятнадцать лет Ханна живёт вместе с Эриком Хеллером в глухом лесу на территории Польши. Девушка умеет охотиться, ориентироваться на местности, владеть оружием и защищаться от нескольких противников одновременно. Эрик обучает её всему, что необходимо для выживания, но запрещает приближаться к незнакомым людям. Ханна считает его своим отцом и почти ничего не знает о мире за пределами леса. Однажды любопытство заставляет Ханну нарушить запрет. Её появление за пределами укрытия привлекает внимание ЦРУ. Агент Марисса Виглер, которая много лет разыскивала девушку, отправляет за ней вооружённую группу. Эрик и Ханна вынуждены разделиться, договорившись встретиться в Берлине. Ханна попадает на секретную базу в Марокко, но использует полученные навыки, чтобы сбежать от охраны. По дороге через Европу она знакомится с британской школьницей Софи и её семьёй. Впервые Ханна видит, как живут обычные подростки, узнаёт о дружбе, вечеринках и отношениях с ровесниками. Ей хочется остаться в этом новом мире, однако преследователи не прекращают поиски. В Берлине девушка вновь встречается с Эриком и узнаёт, что мужчина скрывал от неё обстоятельства её рождения. Когда-то Эрик работал на секретную программу ЦРУ под названием «Утракс». Её участниками становились младенцы, над которыми проводили эксперименты ради создания будущих бойцов с исключительными способностями. Эрик помог матери Ханны, Йоханне, забрать дочь с закрытого объекта в Румынии, но во время побега Йоханна погибла. Эрик вырастил девочку как собственную дочь. Марисса отвечала за операцию, после которой проект формально закрыли, а остальных младенцев уничтожили. Позднее выясняется, что «Утракс» возобновили втайне даже от Мариссы. В новом центре воспитывают девушек, с детства обученных выполнять опасные задания. Эрик и Ханна проникают туда, надеясь освободить воспитанниц, но большинство не верит незнакомцам и отказывается уходить. Вместе с ними сбегает лишь Клара Махан, известная сотрудникам центра под номером 249. Во время столкновения с агентами Эрик получает смертельное ранение. Марисса помогает девушкам скрыться, а Ханна хоронит человека, который воспитал её. Ханна пытается начать свободную жизнь вместе с Кларой, но та мечтает разыскать родную мать. Сотрудники «Утракса» находят беглянку и возвращают в новую тренировочную базу, которую называют «Медоуз». Девушкам здесь придумывают новые имена, биографии и семьи. Их приучают к обычной подростковой жизни, одновременно готовя к убийствам по приказу руководства. Центром управляет Джон Кармайкл, а среди воспитанниц выделяются Сэнди и Джулс. Ханна проникает в «Медоуз», чтобы помочь Кларе, но сама оказывается под контролем программы. Ей дают новое имя Миа и пытаются заставить забыть Эрика. Постепенно Ханна узнаёт о планах руководства: подготовленные девушки должны ликвидировать людей, которых тайная группа считает угрозой своему будущему влиянию. В Лондоне и Барселоне начинаются операции против журналистов и тех, кто пытается раскрыть программу. Пытаясь сорвать убийства, Ханна вновь объединяется с Мариссой. В Барселоне она убеждает Клару, что её мать жива, и помогает спасти дочь человека, которого преследуют агенты. Найденные документы содержат список будущих жертв, среди которых молодые активисты и другие люди, ещё не успевшие занять важные общественные должности. Клара получает возможность встретиться с матерью, а Ханна решает довести борьбу с организацией до конца. Марисса заставляет Кармайкла помогать ей и Ханне выйти на тайную группу «Пионер», стоящую за «Утраксом». Чтобы добраться до руководителей, Ханна снова выполняет задания под прикрытием и старается не выдать свои настоящие намерения. Во время одной из поездок она знакомится с молодым человеком по имени Аббас. Между ними возникает близость, но опасная работа угрожает не только ему, но и его маленькой дочери Надии. По мере расследования выясняется, что глава «Пионера» Гордон Эванс приходится Мариссе отцом. Организация использует секретные сведения и компьютерную систему для выбора будущих целей. Ханна и Марисса пытаются уничтожить данные, раздобыть доказательства преступлений и остановить подготовленные убийства. Кармайкл предаёт их и погибает, а Сэнди, сохранившая верность программе, продолжает охоту на бывших воспитанниц. Джулс постепенно начинает сомневаться в приказах начальства. Последнее противостояние происходит, когда люди Эванса пытаются расправиться с Ханной, Аббасом и Надией. Джулс останавливает Сэнди, а Марисса вступает в перестрелку с собственным отцом. Ей удаётся убить Эванса и отменить приказ об убийстве, но сама она получает смертельное ранение. Ханна остаётся рядом с Мариссой в последние минуты её жизни. После разоблачения организации девушка прощается с Аббасом и его дочерью, получает новые документы и отправляется в Бостон под именем Грейс Элдер, чтобы впервые самостоятельно решить, какой будет её жизнь.
