Самурай Джек оказывается в будущем, которое никогда не должно было существовать. Здесь почти всем управляет Аку, древний демон, с которым Джек начал сражаться много столетий назад для окружающего мира, хотя для него самого с той встречи прошло совсем немного времени. Когда Джек был ребёнком, Аку напал на земли его семьи. Отец мальчика попытался остановить демона, но силы оказались неравными. Родители успели спасти сына и отправить его в путешествие. Джек должен был подготовиться к дню, когда сможет вернуться домой. Он взрослеет вдали от родины. За годы странствий будущий самурай встречает множество наставников. Они обучают его разным способам ведения боя, выживанию и обращению с оружием. Главным оружием Джека становится волшебный меч. Именно он способен уничтожить Аку. Завершив подготовку, Джек возвращается. Он находит демона и вступает с ним в бой. Победа оказывается совсем близко. Аку понимает, что может проиграть, и вместо продолжения сражения использует магию. Он открывает портал во времени и отправляет противника в далёкое будущее. Джек приходит в себя в совершенно другом мире. За время его отсутствия Аку успел победить своих противников и распространить власть на огромные территории. Старый мир почти исчез. На его месте появились гигантские города, космические корабли и разумные машины. Люди живут рядом с множеством инопланетных существ. Для Джека даже обычная улица становится незнакомым местом. Он не понимает местного языка и технологий, но довольно быстро узнаёт главное. Имя Аку здесь известно практически каждому. Одни боятся демона. Другие работают на него. Есть и те, кто продолжает сопротивляться. После встречи с местными жителями самурай получает имя Джек. С ним он и начинает путешествие по будущему. Вернуться домой можно только через другой временной портал. Джек начинает искать любые сведения о подобных проходах. Иногда кажется, что путь назад уже найден. Но Аку делает всё, чтобы не позволить врагу изменить прошлое. Он посылает за самураем своих слуг. Против Джека выходят целые армии роботов. Его преследуют наёмные убийцы и охотники за наградой. Некоторые противники обладают оружием, которого Джек никогда раньше не видел. Самурай вынужден приспосабливаться. Навыки, полученные во время долгого обучения, помогают ему противостоять технологиям будущего. Но дорогу домой постоянно прерывают чужие беды. Джек встречает народы, которые Аку лишил свободы. Находит поселения, подвергающиеся нападениям. Помогает тем, кто не способен самостоятельно противостоять армии демона. Каждый раз перед ним возникает один и тот же выбор. Можно продолжить поиски портала или остановиться и помочь незнакомым людям. Джек почти всегда выбирает помощь. Из-за этого о нём начинают узнавать далеко за пределами мест, через которые он проходит. Для одних он становится союзником. Для других опасным врагом власти Аку. Сам демон сначала относится к возвращению Джека как к очередной проблеме, но волшебный меч заставляет его быть осторожным. Аку знает, что самурай способен завершить начатую много лет назад битву. Он старается уничтожить Джека чужими руками, обмануть его или навсегда лишить возможности вернуться в прошлое. Джек отвечает терпением. Он продолжает двигаться вперёд, даже когда очередной путь домой оказывается закрыт. Будущее постоянно подбрасывает ему новых врагов и союзников. Меняются города, планеты и народы. Не меняется только цель. Джек должен найти дорогу в собственное время, снова встретиться с Аку и остановить его до того, как мир превратится в будущее, по которому самурай теперь вынужден странствовать.
