Лерой Джетро Гиббс руководит группой специальных агентов Службы криминальных расследований Военно-морских сил США. В прошлом он служил в морской пехоте и привык к строгой дисциплине. Гиббс редко говорит больше необходимого, требует от подчинённых полной отдачи и не останавливается, пока не выяснит правду. Команда занимается преступлениями, связанными с военнослужащими ВМС и Корпуса морской пехоты. Агентам приходится расследовать убийства, похищения, шпионаж, терроризм и исчезновения людей. Иногда обычное на первый взгляд дело приводит их к гораздо более серьёзному преступлению. Одним из главных помощников Гиббса становится Энтони ДиНоззо. До прихода в NCIS он работал в полиции и успел получить хороший опыт расследований. Тони любит шутить и постоянно вспоминает фильмы, но за несерьёзным поведением скрывается опытный агент, способный действовать решительно в опасной ситуации. Тимоти МакГи специализируется на компьютерах и цифровых технологиях. Он помогает искать информацию, отслеживать подозреваемых и получать данные с электронных устройств. Со временем МакГи набирается полевого опыта и становится одним из ключевых членов команды. В разные годы состав группы меняется. К расследованиям присоединяются новые агенты, среди которых Элеонора Бишоп, ранее работавшая аналитиком в Агентстве национальной безопасности. Её способности особенно полезны в делах, связанных с разведкой и государственной безопасностью. Важную часть расследований выполняют специалисты, работающие за пределами оперативной группы. Судмедэксперт Дональд Маллард изучает тела погибших и помогает установить обстоятельства смерти, а Эбби Шуто исследует найденные на месте преступления улики. Каждое дело начинается со сбора информации. Агенты осматривают место происшествия, разговаривают со свидетелями, проверяют алиби и постепенно восстанавливают последовательность событий. Некоторые расследования выводят команду далеко за пределы военных баз. Гиббсу и его людям приходится искать преступников по всей стране, работать под прикрытием и сотрудничать с другими федеральными службами. При этом опасность нередко касается самих агентов. Противники пытаются использовать их близких, старые враги возвращаются, а некоторые расследования заставляют Гиббса вспоминать события собственного прошлого. Несмотря на разницу в характерах, сотрудники постепенно становятся больше чем обычными коллегами. Они доверяют друг другу в самых опасных ситуациях и знают, что при необходимости каждый готов рискнуть собой ради остальных.
