Большинство жителей Нью-Йорка даже не подозревает, сколько инопланетян встречает каждый день. Пришелец может работать в магазине, ехать рядом в такси или спокойно жить в соседнем доме. Пока он соблюдает правила, никто не станет ему мешать. За этим порядком следят Люди в чёрном. Секретная организация существует вдали от внимания обычных властей. Здесь знают о десятках инопланетных рас, контролируют их перемещения и хранят технологии, о существовании которых человечество ещё не догадывается. Агент Джей только начинает привыкать к этому миру. После вступления в организацию привычные представления о Земле для него окончательно теряют смысл. Его напарником становится агент Кей. Для опытного сотрудника встреча с инопланетным чудовищем является обычной частью рабочего дня, поэтому удивление Джея редко производит на него впечатление. Характеры напарников сильно отличаются. Кей предпочитает сначала оценить ситуацию и действовать по инструкции. Джей способен придумать решение прямо во время погони, даже если несколько минут назад понятия не имел, с каким существом столкнулся. Именно вместе им приходится выполнять большую часть заданий. Сигнал может поступить из любого района города. Иногда агенты разыскивают нелегального пришельца, иногда проверяют подозрительный объект, а временами пытаются остановить существо, которое случайно привлекло слишком много внимания. Джей быстро узнаёт, что внешний вид почти ничего не говорит об опасности. Некоторые пришельцы скрываются внутри человеческих оболочек, другие способны менять форму или обладают совершенно неожиданными способностями. Среди них хватает мирных жителей. Они прибыли на Землю в поисках безопасного места и хотят лишь спокойно продолжать свою жизнь. Люди в чёрном помогают таким существам оставаться незаметными. Но одновременно организация должна следить, чтобы инопланетные гости не нарушали земные и межгалактические правила. Криминальный мир тоже давно вышел за пределы одной планеты. В Нью-Йорк попадает запрещённое оружие, необычные устройства и опасные вещества внеземного происхождения. Расследованием подобных дел занимаются Джей и Кей. Иногда обычная погоня быстро превращается в столкновение, последствия которого приходится скрывать от целого района. В этом помогает нейрализатор. С его помощью агенты стирают воспоминания случайных свидетелей и оставляют им более правдоподобную версию событий. В штаб-квартире за работой агентов следит Зед. Именно он распределяет задания и старается не допустить, чтобы очередная проблема переросла в угрозу для всей планеты. Но некоторые дела имеют прямое отношение к прошлому организации. Одним из главных врагов становится Альфа. Раньше он был агентом и работал вместе с Кеем, пока собственные амбиции не заставили его перейти на другую сторону. Альфа хорошо знает устройство организации и методы бывших коллег. Получая новые инопланетные технологии, он становится всё опаснее и постоянно ищет способ добиться превосходства над людьми и другими существами. Для Кея встречи с ним имеют личное значение. Джей же видит, к чему может привести человек, который получает доступ к огромным возможностям и решает использовать их только ради себя. Но Альфа далеко не единственная проблема. В городе регулярно появляются существа, способные устроить катастрофу случайно или намеренно. Каждое новое дело знакомит Джея с ещё одной частью скрытого мира. Он узнаёт о конфликтах между инопланетными расами, странных обычаях и технологиях, способных изменить жизнь на Земле. Со временем Джей становится увереннее, хотя привычка действовать по-своему никуда не исчезает. Кей продолжает ворчать на напарника, но всё чаще доверяет его решениям. Вместе они защищают не только людей. Иногда от их действий зависит жизнь пришельца, который оказался на Земле в беде, или безопасность целой инопланетной общины. А для остального Нью-Йорка всё выглядит совершенно обычно. Люди продолжают заниматься своими делами и не замечают, что совсем рядом два агента в чёрных костюмах снова спасают город от угрозы, о которой никто никогда не должен узнать.
