Осенью 1899 года пароход «Керберос» отправляется из Европы в Нью-Йорк. На борту находятся люди из разных стран, которые надеются начать новую жизнь. Среди пассажиров есть врач Маура Франклин. Она пытается выяснить, что случилось с её братом Киараном, бесследно исчезнувшим несколько месяцев назад. Вскоре капитан Эйк Ларсен получает сигнал с «Прометея», другого судна той же компании, которое давно считалось пропавшим. Он меняет курс и находит дрейфующий пароход. Его помещения пусты, но в запертом шкафу обнаруживается молчаливый мальчик с маленькой чёрной пирамидой. После возвращения спасательной группы на «Керберосе» начинают происходить необъяснимые события. Пассажиры гибнут, судно теряет управление, а команда получает приказ потопить «Прометей». Недовольство решениями капитана приводит к мятежу. Маура пытается защитить найденного мальчика и разобраться в происходящем, пока Эйка преследуют воспоминания о погибшей семье. В это же время Лин И скрывает обстоятельства своего путешествия, Жером сталкивается с человеком из прошлого, а Тове пытается сохранить семью в условиях растущей паники. Маура и Эйк находят в каютах потайные ходы, ведущие в места, связанные с личными воспоминаниями пассажиров. Загадочный Даниэль Солас, незаметно появившийся на корабле, знает устройство этих проходов и вмешивается в работу судна. Постепенно Маура узнаёт, что Даниэль является её мужем, а найденного мальчика зовут Эллиот и он их сын. Само путешествие оказывается компьютерной симуляцией, которая многократно повторяется. Маура не помнит, какое отношение имеет к её созданию, и подозревает, что за происходящим стоит её отец Генри Синглтон. Даниэль помогает Мауре нарушить очередной цикл и сообщает, что управление программой захватил её брат. Выйдя из симуляции, она приходит в себя на космическом корабле «Прометей» в 2099 году. Рядом находятся другие пассажиры «Кербероса», подключённые к устройствам. Сообщение от Киарана даёт понять, что Мауре предстоит разобраться с новой реальностью, но на этом история обрывается.