После многих совместных приключений пути Бена, Гвен и Кевина расходятся. Гвен уезжает учиться, Кевин отправляется вместе с ней, а Бен остаётся в Беллвуде и решает продолжить работу героя самостоятельно. Дедушка Макс не поддерживает эту идею и знакомит внука с Руком Блонко, молодым выпускником академии Сантехников. Рук совсем не похож на прежних напарников Бена. Он привык соблюдать инструкции, заранее продумывать действия и серьёзно относиться к каждому заданию. В бою Рук использует Протоинструмент, способный принимать разные формы в зависимости от ситуации. Сам Бен предпочитает действовать без долгой подготовки. Из-за этого первое время напарникам трудно найти общий язык, но разбираться с разногласиями приходится прямо во время заданий. Одно из первых расследований приводит их в подземную часть Беллвуда. Под знакомыми улицами скрывается целый район, населённый инопланетянами. Здесь работают магазины, заключаются сделки и живут существа, прибывшие на Землю из разных уголков галактики. Для Бена открытие становится неожиданным. Он много лет защищал родной город, даже не подозревая, насколько большой инопланетный мир существует буквально у него под ногами. Вместе с Руком он начинает расследовать происходящие здесь преступления и сталкивается с противниками, хорошо знакомыми с возможностями Омнитрикса. Особую опасность представляет Кайбер. Этот охотник привык преследовать самых редких и опасных существ галактики. Он изучает свою добычу, находит её слабые места и использует специально подобранных хищников. Бен становится для него особенно интересной целью. Благодаря Омнитриксу он способен превращаться во множество существ, каждое из которых обладает собственными способностями. Но охота Кайбера оказывается частью более серьёзной угрозы. За происходящим стоит Малвер, энергетическое существо, которому нужна сила Омнитрикса. Его появление заставляет Бена понять, что привычное устройство на его запястье снова способно привлечь врагов галактического масштаба. При этом сам Омнитрикс преподносит хозяину немало сюрпризов. В нём появляются новые формы, возможности которых Бену приходится изучать прямо во время сражений. Иногда вместо выбранного инопланетянина устройство превращает его в совершенно другого. То, что сначала кажется помехой, заставляет Бена искать новые способы использовать каждую доступную способность. Рук постепенно становится полноценным участником этих приключений. Его спокойствие и подготовка дополняют импульсивность Бена, а Протоинструмент позволяет продолжать бой даже тогда, когда Омнитрикс не даёт ожидаемого преимущества. Новые расследования связываются и с событиями, произошедшими несколько лет назад. История возвращается к одиннадцатилетнему Бену, который путешествовал вместе с Гвен и дедушкой Максом. Некоторые противники и загадки, с которыми он столкнулся тогда, получают продолжение уже в настоящем. Старые враги снова напоминают о себе, а новые угрозы выводят Бена далеко за пределы Беллвуда. Вместе с Руком он посещает другие миры, выполняет задания Сантехников и сталкивается с существами, способными угрожать целым планетам.
