После укуса радиоактивного паука студент Питер Паркер приобретает способности, которые полностью меняют его жизнь. Он становится сильнее обычного человека, способен цепляться за стены и чувствовать приближение опасности. Поначалу Питер использует новые возможности ради собственной выгоды, но после убийства дяди Бена понимает, что должен помогать окружающим. Так в Нью-Йорке появляется Человек-паук. Днём Питер посещает университет, помогает тёте Мэй и продаёт фотографии газете «Дейли Бьюгл». По ночам он патрулирует город, преследует преступников и спасает людей. Главный редактор Джей Джона Джеймсон постоянно обвиняет неизвестного героя в разрушениях, хотя именно фотографии Человека-паука приносят газете большую популярность. Постепенно Питер сталкивается с противниками, которые значительно опаснее обычных грабителей. Доктор Курт Коннорс превращается в Ящера после попытки восстановить потерянную руку. Учёный Отто Октавиус становится Доктором Осьминогом, а Мак Гарган после эксперимента превращается в Скорпиона. Каждая новая встреча заставляет Питера искать способы победить врагов, не причиняя им лишнего вреда. За многими преступлениями стоит Уилсон Фиск, известный как Кингпин. Он руководит преступным миром Нью-Йорка, используя богатство, связи и научные разработки. Человек-паук неоднократно разрушает его планы, но Фиск продолжает действовать через подчинённых и старается скрывать свою настоящую деятельность. Во время одной из миссий Питер сталкивается с инопланетным существом, которое соединяется с его костюмом. Симбиот усиливает способности Человека-паука, но постепенно делает его раздражительным и жестоким. Когда Питер избавляется от существа, оно выбирает новым носителем Эдди Брока. Так появляется Веном, обладающий силами Человека-паука и знающий его настоящую личность. Параллельно Питер пытается разобраться в отношениях с Мэри Джейн Уотсон и Фелицией Харди. Обе девушки занимают важное место в его жизни, но постоянная борьба с преступностью мешает ему уделять им достаточно внимания. Позднее Фелиция получает сверхчеловеческие способности и становится Чёрной Кошкой, которая иногда помогает Человеку-пауку. Особое место среди врагов Питера занимает Зелёный гоблин. Под его маской скрывается Норман Озборн, отец лучшего друга Питера Гарри. Используя экспериментальные технологии и оружие, Озборн устраивает нападения на город и пытается уничтожить Человека-паука. Во время одного из столкновений Мэри Джейн исчезает в другом измерении, оставляя Питера без возможности узнать, что с ней произошло. После исчезновения девушки Питер продолжает искать её, одновременно сталкиваясь с новыми противниками. Он встречает Карателя, Сорвиголову, Железного человека и Людей Икс, которые помогают ему в борьбе с преступными организациями и опасными научными экспериментами. Вскоре выясняется, что вернувшаяся Мэри Джейн не является настоящей девушкой, которую Питер потерял. Она оказывается клоном, созданным профессором Майлзом Уорреном. Питер тяжело переживает это открытие, поскольку уже успел поверить, что его поиски закончились. Тем временем Карнаж, возникший после соединения симбиота с преступником Клетусом Кэседи, становится угрозой для жителей Нью-Йорка. Позднее одна из альтернативных версий Человека-паука объединяется с Карнажем и получает возможность разрушать целые реальности. Чтобы остановить катастрофу, Питер объединяется с несколькими Людьми-пауками из параллельных миров. Вместе они противостоят противнику, который обладает знакомыми способностями, но использует их для уничтожения всего вокруг. После завершения этой борьбы Питер встречает мадам Паутину, которая помогает ему приблизиться к разгадке исчезновения Мэри Джейн. Человек-паук отправляется на новые поиски, надеясь наконец вернуть девушку из другого измерения.
